食品中的生物危害可分為：①細菌；②病毒；③真菌（霉菌、酵母）；④寄生蟲；③藻類。一般而言，霉菌和酵母不會引起食品中的生物危害（雖然某些霉菌、藻類能產生有害毒素，但是通常將這類毒素納入化學危害的范疇），所以本節只討論細菌、病毒、寄生蟲引起食品的生物危害，以及其導致的食源性疾病。

危害分析中常見的細菌、病毒和寄生蟲危害見表2-1。美國國家食品微生物專業委員會

（The International Commission of Microbiological Specifications for Food,ICMSF） 根據這些有害微生物的危險性將其分成三類：①嚴重危害；②中等危害，但是具有廣泛傳播性，且對某些敏感性體質的人或患并發癥的病人具有嚴重危害；③中等危害，經常引起爆發性疾病，不過傳播范圍有限（表2-1）。如果根據導致危害的微生物分類，可將生物危害分成：細菌危害、病毒危害、真菌危害、寄生蟲危害等。